Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient
Particules de MERS-CoV mise en évidence par microscopie électronique à coloration négative.
| Type | Virus |
|---|---|
| Groupe | Groupe IV |
| Ordre | Nidovirales |
| Famille | Coronaviridae |
Sommaire
Symptômes
Les symptômes de l'infection par MERS-CoV peuvent être l'insuffisance rénale aiguë et une pneumonie aiguë sévère, qui aboutissent souvent à une issue fatale1. Chez les humains, le virus a un fort tropisme pour les cellules épithéliales bronchiques non ciliées, et il a été montré qu'il échappe facilement aux réponses du système immunitaire inné et perturbe la production d'interféron (IFN) dans ces cellules2,3.Enjeux
Ce virus présente certaines caractéristiques pouvant le faire classer parmi les causes de maladies émergentes éventuellement susceptibles d'évoluer en pandémie1. L'OMS et de nombreux spécialistes l'ont donc rapidement ciblé dans leur veille écoépidémiologique.Histoire
Selon les données épidémiologiques disponibles, ce variant de Coronavirus est apparu au Moyen-Orient dans la péninsule Arabique1.Le premier cas humain identifié d'infection par ce virus l'a été chez un saoudien mort au début de 20124.
Ce virus est dit « nouveau » car au moment où il a été découvert (en 2012), il différait fortement des cinq autres coronavirus humains déjà découverts. Quatre de ces virus ne causent que de simples rhumes, anodins ; mais le cinquième est nettement plus pathogène ; c'est le virus du SRAS.
Chez les premiers malades identifiés, ce virus s'est montré très pathogène, ce qui explique la mise en place rapide d'un dispositif de veille et réponse épidémiologique international concernant cette souche de coronavirus.
La plupart des cas étaient situés dans la péninsule arabique, mais, le 8 mai 2013, un premier cas a été confirmé en France par le Centre national de référence de l’Institut Pasteur5,1, le ministère français de la santé affirme alors qu'il s'agit du seul cas confirmé en France tout en précisant que l'homme revenait d'un séjour à Dubaï6.
Le 12 mai un second cas était annoncé en France (le voisin de chambre du premier cas7). À peu près au même moment, deux autres décès étaient signalés dans la région d'Al-Hassa (Arabie saoudite)8. En juin 2013, lors d'une réunion d'urgence, l'OMS a déclaré : « Le nouveau coronavirus semble préférer la saison chaude (l'été) pour se répandre et contaminer ces hôtes. Sur la planète, on constate que celui-ci s'est facilement étendu (géographiquement et en une seule année) ; ce n'est plus seulement le Moyen-Orient qui en est affecté. Les voyageurs ne s'inquiètent pas assez du virus ; cela facilite l'évolution de la contagion et même une mutation. Les conséquences sont malheureusement observables sur notre carte de surveillance épidémiologique. Voilà que plusieurs pays d'Europe de l'Ouest sont touchés. Ce virus pourrait donc muter, s'adapter aux différents climats et différentes saisons. Ainsi, il provoquerait une véritable pandémie en se transmettant très facilement d'homme à homme. De plus, MERS-COV tue dans 1 cas sur 2 »[réf. nécessaire].
Premier cas humain identifié : Il s'agit d'un homme originaire du Qatar mort à Jeddah (Arabie saoudite) en juillet 2012, tombé malade après un voyage en Arabie saoudite, et ensuite diagnostiqué (en septembre 2012) mort de ce virus9)10,11. Ce cas a été rapporté par Ali Mohamed Zaki de l'Hôpital Soliman Fakeeh de Jeddah, sur ProMED-mail (le réseau international de veille sur les maladies émergentes12) le 15 septembre 20129. Le virus n'est pas encore identifié, mais au vu des symptômes, les experts évoquent rapidement la possibilité qu'il s'agisse d'un virus grippal d'un paramyxovirus ou d'un coronavirus. La piste du coronavirus est rapidement confirmée et l'information a rapidement été portée à la connaissance des réseaux de veille épidémiologique spécialisé dans la détection d'éventuelles maladies émergentes9, via les réseaux ProMed notamment12, puis de l'OMS et de l'OIE, de l'International society for infectious diseases (ISID13) et le réseau « Infectious Animal and Zoonotic Disease Surveillance » FAS, portail de l'ONG : Infectious Animal and Zoonotic Disease Surveillance et beaucoup d'autres de par le monde, puis par les médias.
Deuxième cas humain identifié : Il a été rapporté en septembre 2012 par l'agence anglaise de protection de la santé (United Kingdom's Health Protection Agency)14. C'est un homme, Qatari, de 49 ans tombé malade après un voyage en Arabie saoudite, et traité en soins intensifs dans un hôpital de Londres, porteur du même virus9. Au même moment d'autres cas possibles font l'objet d'enquêtes, et le degré de virulence et contagiosité du virus n'est pas encore clair9. Ce patient a été traité pour une maladie respiratoire, mais il a aussi développé une insuffisance rénale aiguë15.
En raison de son caractère hautement pathogène et des symptômes qu'il provoque, ce virus a été comparé dès les premiers rapports le concernant au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)4, avec suspicion d'une origine animale. Les deux premiers patients étant tombé malades à plus de 2 mois d'intervalle, on suppose que le premier n'a pas infecté le second, et qu'il doit exister un réservoir animal, comme cela est le cas avec la plupart des virus infectant l'Homme16.
Réactions de l'OMS
L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a annoncé qu'elle était « engagé à caractériser davantage le nouveau coronavirus » et qu'elle a « immédiatement alerté l’ensemble de ses États-Membres. L'OMS coordonne le dispositif qui se met en place, et fournit des recommandations aux autorités sanitaires et aux organismes sanitaires spécialisés »17.L'agence du Royaume-Uni pour la protection de la santé travaille au séquençage génétique de ce virus, à partir des ARN viraux obtenus à partir du patient du Qatar4,18.
Zoonose ?
Les virus de ce type sont fréquemment zoonotiques, c'est-à-dire que, comme les virus grippaux, ils peuvent à la fois infecter une ou plusieurs espèces animales et l'être humain et - au gré de certaines mutations - passer d'une espèce à l'autre, parfois en devenant inhabituellement pathogènes, par exemple parce que le système immunitaire du « nouvel hôte » n'y est pas adapté.Dans ce type de circonstances, les écoépidémiologistes cherchent donc quelle peut être l'espèce réservoir (oiseau et/ou mammifère en général) et s'il existe des circonstances écoépidémiologique pouvant expliquer ou faciliter la diffusion d'un « nouveau » virus (maladie émergente), et s'il existe éventuellement un risque pandémique.
Le virologue Ron Fouchier, travaillant au centre médical Érasme de Rotterdam (Pays-Bas), spécialiste de virus respiratoires hautement pathogènes, a rapidement émis l'hypothèse que le virus pourrait avoir comme origine un virus infectant des chauves-souris16.
Un scientifique Saoudien ayant isolé ce virus lui a envoyé un échantillon du virus pour savoir s'il pouvait s'agir d'un paramyxovirus9. R. Fouchier lui a demandé s'il l'avait déjà testé comme potentiel coronavirus (ce qui est possible grâce à un test développé par le US CDC qui permet de tester tous les coronavirus connu)9. Durant le transfert du virus au laboratoire néerlandais de R. Fouchier, ce test a confirmé qu'il s'agissait effectivement d'un coronavirus. Fouchier, disposant du matériel nécessaire a néanmoins séquencé le génome de ce virus9. Il a aussi d'ailleurs fait breveter ce génome, malgré les protestations de responsables saoudiens qui n'avaient pas formellement autorisé le transfert initial du virus19.
Données épidémiologiques complètes
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- Plus de 50 cas
- Plus de 5 cas
- Plus de 1 cas
En juin 2013, l'OMS déclare que « le risque de transmission inter-humaine est certaine. Ce coronavirus se transmet localement entre hommes ». Le 25 juin 2013, « Genève s'attend de pied ferme à voir apparaître le nouveau coronavirus » (a informé l'OMS).[réf. nécessaire]
Début juillet, L'OMS déclare son inquiétude concernant le pèlerinage
de la Mecque qui doit bientôt débuter (septembre-octobre 2013),
craignant ainsi une importante propagation du MERS-CoV à l'échelle
mondiale. L'OMS organise un Comité d'Urgence le 9 juillet 2013 (le
premier depuis l'annonce de la première pandémie du XXIe siècle; celle
du virus H1N1 de 2009). Le même jour, l'OMS souhaite renouveler ce
Comité d'Urgence (qui fut finalement un échec en termes de débat)[réf. nécessaire]. Toutes ces informations étaient déjà connues. Le même jour[Quand ?], Les Émirats arabes unis annoncent un premier cas confirmé de coronavirus, un homme âgé de 82 ans actuellement hospitalisé, selon l'agence de presse officielle WAM.[Passage à actualiser][réf. nécessaire] Le
citoyen émirati ayant contracté le virus souffre d'un cancer et est
actuellement soigné dans un hôpital de la capitale, indique l'autorité
sanitaire d'Abu Dhabi dans un communiqué tard jeudi, précisant qu'il
s'agit du premier cas recensé dans les Émirats.[Passage à actualiser] Le second Comité d'Urgence de l'année se déroule le 17 juillet 2013[réf. nécessaire]. L'organisation mondiale de la santé déclare le 28 juillet que 90 cas ont été recensés.[réf. nécessaire] À cette date, les victimes s'élèvent à 46.[réf. nécessaire]
D'ailleurs, un nouveau décès lié au coronavirus en Arabie saoudite, le
26 juillet 2013, pousse les autorités à être encore plus vigilants.
Désormais, l’OMS conseille aux voyageurs présentant les symptômes d’une
infection respiratoire sévère de subir un dépistage le plus rapidement
possible. L'Organisation
mondiale de la santé estime fin juillet 2013 que le MERS, qui peut
provoquer de la fièvre, une toux et une pneumonie, n'avait pas atteint
un potentiel pandémique et pourrait tout simplement disparaître. Mais
l'OMS redoute une accentuation du phénomène alors que des centaines de
milliers de musulmans se rendent en Arabie saoudite durant le mois de
ramadan, en cours, pour l'oumrah, un pèlerinage qu'ils peuvent effectuer
à tout moment de l'année.[réf. nécessaire]
Le 2 août 2013, 3 nouveaux cas sont recensés en Arabie saoudite (portant à 74 le nombre d'infectés dans ce pays depuis l'apparition du nouveau coronavirus) et (le même jour), l'OMS commence à penser que l'Arabie saoudite serait sa source et son point d'origine; ce qui expliquerait depuis le début le nombre accru de cas dans cette zone géographique.[réf. nécessaire] L'état du second patient français reste sérieux, il est toujours hospitalisé à Lille au 21 août 2013 mais ce dernier n'est plus atteint par le MERS-CoV.[Passage à actualiser][réf. nécessaire] L'origine du MERS-CoV, les chauve-souris, est confirmée le 23 août 2013 par les experts de l'OMS.[réf. nécessaire] Le 29 août, l'OMS dresse un bilan au niveau mondial, la barre des 100 cas est dépassée pour atteindre 104 cas confirmés dont 49 mortels.[réf. nécessaire]
[style à vérifier] Le 5 octobre, après un mois de silence, 6 nouveaux cas sont confirmés en Arabie Saoudite.Le 2 août 2013, 3 nouveaux cas sont recensés en Arabie saoudite (portant à 74 le nombre d'infectés dans ce pays depuis l'apparition du nouveau coronavirus) et (le même jour), l'OMS commence à penser que l'Arabie saoudite serait sa source et son point d'origine; ce qui expliquerait depuis le début le nombre accru de cas dans cette zone géographique.[réf. nécessaire] L'état du second patient français reste sérieux, il est toujours hospitalisé à Lille au 21 août 2013 mais ce dernier n'est plus atteint par le MERS-CoV.[Passage à actualiser][réf. nécessaire] L'origine du MERS-CoV, les chauve-souris, est confirmée le 23 août 2013 par les experts de l'OMS.[réf. nécessaire] Le 29 août, l'OMS dresse un bilan au niveau mondial, la barre des 100 cas est dépassée pour atteindre 104 cas confirmés dont 49 mortels.[réf. nécessaire]
Pays touchés
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Au 5 octobre 2013, 10 pays restent touchés par MERS-CoV et l'on
constate plus qu'une légère aggravation des chiffres mensuel (uniquement
concernant l'Arabie Saoudite). Malgré l'apparition de quelques cas dans
ce pays il y a peu de temps, MERS-CoV semble avoir été presque
totalement éradiqué au Moyen-Orient (depuis plus d'un mois) :- Au Moyen-Orient
- Arabie saoudite (Pays le plus touché) = 89 cas confirmés / 42 décès (prouvés scientifiquement)
- Jordanie = 2 cas confirmés / 2 décès (prouvés scientifiquement)
- Emirats Arabes = 3 cas confirmés / 0 décès
- Émirats arabes unis = 2 cas confirmés / 1 décès (prouvé scientifiquement)
- Qatar = 3 cas confirmés / 1 décès
- Tunisie = 2 cas confirmés / 1 décès (prouvé scientifiquement)
- En Europe
- Grande-Bretagne = 3 cas confirmés / 2 décès (prouvés scientifiquement)
- Allemagne = 1 cas confirmé / 0 décès
- France = 2 cas confirmés / 1 décès (prouvé scientifiquement)
- Italie = 3 cas confirmés / 0 décès
- Dans le monde
Origine
De récentes études ont montré que le gène d'un virus connu pour infecter des chauves-souris du genre pipistrellus ne diffère du NCoV que de 1,8 %25. Plus de 50 espèces de chauves-souris porteuses du gène pipistrellus dans la péninsule Arabique et l'utilisation d'eau de grotte et de guano de chauve-souris, suggère fortement qu'il peut être le réservoir zoonotique pré-crossover.Fait intéressant, des études récentes ont montré que NCoV peut à la fois infecter des chauve-souris et des lignées de cellules porcines en plus de cellules humaines, ce qui suggère que le récepteur cellulaire pourrait être conservé entre ces espèces.
Cette propriété indiquerait une barrière faible pour la transmission entre les hôtes du virus26,27.
En France
En 2013, deux premiers cas détectés d'infection par le « nouveau coronavirus » hautement pathogène ont été détectés en France.Tous deux ont été trouvés dans le Nord Pas-de-Calais le 7 mai chez un patient masculin de 65 ans revenant d'un voyage en Arabie saoudite (dans l'est du royaume) Puis le 12 mai 2013 chez un patient qui avait partagé la chambre d'hôpital du premier (fin avril 2013), avant que son infection ne soit connue, ce qui a justifié la mise en place d'un dispositif d'enquête et d'épidémiosurveillance avec l'Institut de veille sanitaire et sa cellule régionale, l’Institut Pasteur et l'ARS Nord–Pas-de-Calais, sous l'égide du ministère de la Santé et de la Direction Générale de la Santé (DGS). Un numéro vert d'information grand public a été ouvert28 (valable pour toute la France). Le 4 juillet 2013, on apprend par une porte-parole de l'AFP que l'état de santé du second patient (hospitalisé à Lille en France) reste toujours critique mais très stationnaire. Le même jour, on apprend un nouveau décès en Grande-Bretagne.
Les deux patients ont été hospitalisés et mis en quarantaine au CHRU de Lille où ils ont dû être placés sous assistance respiratoire ("extra-corporelle" pour le 1er cas suite à une défaillance respiratoire29), alors que leurs proches ou les personnes avec lesquels ils ont eu des contacts récents étaient recherchés. Ces derniers ont reçu l'interdiction de se rendre dans des lieux publics ou de recevoir de la visite et l'ARS (Agence Régionale de Santé) les contacte deux fois par jour pour vérifier qu'ils ne développent pas de symptômes de la maladie.
Selon le professeur Arnaud Fontanet (Chef de l'unité des maladies émergentes à l'Institut Pasteur), il existe de « grandes similitudes » entre cette infection et le Sras (« dans les deux cas, les symptômes sont respiratoires et la transmission s'exerce par voie respiratoire et par contact rapproché ».
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